行政申诉相较行政诉讼具有行政专业性强、便捷程度高、成本低等优势，但前提是该制度应当具有科学规范的制度设计，能够为信息申请人提供有效的救济。2020年《制定办法》第8条第2款要求各级主管部门应当建立专门工作制度处理公共企事业单位信息公开申诉，这一专门工作制度应当从以下几个方面进行建构：

1.确定申诉受理机构。每个主管部门都应当确定明确的机构或人员处理信息公开申诉，可由内部法制机构或法制工作人员负责，有条件的部门可以建立专门委员会，如公务员、事业单位申诉制度中设立的申诉公正委员会，由主管部门业务人员、法制人员、行业代表和法律专家组成。

2.建构科学的申诉程序。明确受理申诉的提出期限、应提交的材料、受理审查规则、审理规则和期限、审理结果与执行。其中，可规定直接要求公共企事业单位公开信息的审理裁决类型，体现申诉制度相较于行政诉讼的优势。

3.完善申诉前后制度衔接。若确定申诉不作为复议和诉讼的前置程序，则必须丰富申诉程序，完善其前后制度衔接，兼顾效率与公平。《事业单位工作人员申诉规定》设计的程序为“原单位复核+主管部门申诉+上级部门再申诉”，《苏州市教师申诉办法》设计的程序为“主管部门申诉+上级人民政府复核”。针对申诉机构不受理的情况，建议按照行政不作为处理，规定“申诉机构不履行职责，无正当理由不受理、处理申诉申请的，申诉人可向法院提起行政诉讼”。针对申诉人对申诉处理决定不服的情况，建议规定“申诉人可以在收到决定书十日内向申诉机构的上一级部门或同级人民政府申请复核”。

4.增加申诉制度的公正性与透明度。同样作为救济制度，申诉相较于司法救济的劣势在于其程序的内部性、封闭性，致使其公正性受到质疑。建议增加申诉透明度，由各主管部门公开本部门的申诉规则、监管的公共企事业单位名单、每年的申诉数据，并参照司法公开制度建立申诉决定书数据库，将这部分信息纳入政府信息公开制度，接受社会监督。